Title
Uloga transkripcionog faktora DREB2A i malih RNK miR398a/b i miR408 u odgovoru graška (Pisum sativum L.) na dehidrataciju
Creator
Jovanović, Živko S., 1983-
Copyright date
2013
Object Links
Select license
Autorstvo-Nekomercijalno-Bez prerade 3.0 Srbija (CC BY-NC-ND 3.0)
License description
Dozvoljavate samo preuzimanje i distribuciju dela, ako/dok se pravilno naznačava ime autora, bez ikakvih promena dela i bez prava komercijalnog korišćenja dela. Ova licenca je najstroža CC licenca. Osnovni opis Licence: http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/rs/deed.sr_LATN. Sadržaj ugovora u celini: http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/rs/legalcode.sr-Latn
Language
Serbian
Cobiss-ID
Theses Type
Doktorska disertacija
description
Datum odbrane: 27.09.2013.
Other responsibilities
mentor
Radović, Svetlana, 1958-
član komisije
Radović, Svetlana, 1958-
član komisije
Matić, Gordana, 1953-
član komisije
Maksimović, Vesna
Academic Expertise
Prirodno-matematičke nauke
University
Univerzitet u Beogradu
Faculty
Biološki fakultet
Alternative title
The role of DREB2A transcription factor and small RNAsmiR398a/b and miR408 in dehidratation response of pea (Pisum sativum L.)
Publisher
Beograd : [Ž. S. Jovanović],
Format
PDF/A (107 listova)
description
BIOLOGIJA - MOLEKULARNA BIOLOGIJA / BIOLOGY - MOLECULAR BIOLOGY
Abstract (sr)
Jedan od glavnih faktora abiotičkog stresa kod biljaka je dehidratacija. U ovom radu
ispitivan je uticaj dehidratacije na ekspresiju gena za transkripcioni faktor DREB2A i malih
RNK miR398 i miR408 graška, u cilju sagledavanja značaja ovih molekula u odgovoru graška
na dehidrataciju i rehidrataciju.
Parcijalna cDNK (PsDREB2A) koja kodira za DREB2A transkripcioni faktor graška je
dobijena primenom metode PCR sa prajmerima dizajniranim na osnovu sekvenci DREB2A gena
iz model leguminoze Medicago truncatula. Dobijena sekvenca (495 bp) deponovana je u
GeneBank (HM229349). PoreĎenje nukletidnih sekvenci pokazalo je da je dobijena sekvenca
najsličnija sa sekvencom za DREB2A iz M. truncatula, kao i sa EREBP (ethylene responsive
element binding protein) iz iste vrste. Analiza izvedene aminokiselinske sekvence pokazala je
da PsDREB2A ima strukturu karakterističnu za DREB2A protein - prisustvo konzervisanog
AP2 domena (17-55 ak), kao i da ima najveću homologiju sa DREB2A i sa ERBP proteinom iz
M. truncatula. Na osnovu kompjuterske predikcije posttranslacionih modifikacija proteina
utvrĎeno je prisustvo jednog potencijalnog mesta za sumoilaciju proteina, i to na poziciji
Lys157 (MKQE), kao i prisustvo nekoliko potencijalnih mesta za fosforilaciju, najverovatnije
protein kinazom A.
U cilju ispitivanja ekspresije gena za DREB2A transkripcioni factor graška vršene su
analize iRNK korena i nadzemnog dela graška u normalnom fiziološkom stanju, kao i u
uslovima dehidratacije u trajanju 7 i 10 dana, i rehidratacije. Primenjena je metoda Real-time
PCR uz upotrebu proba specifičnih za PsDREB2A. Pokazano je da se profil ekspresije razlikuje
u korenu i nadzemnom delu biljaka. Kod korena maksimalni nivo ekspresije PsDREB2A utvrĎen je nakon 10 dana tretmana, dok je kod nadzemnog dela biljaka maksimum dostignut
nakon 7 dana dehidratacije...
Abstract (en)
Adverse environmental stresses, such as drought, low temperature and soil salinity have a
strong influence on agricultural production and sustainability. A major limitation to yield and
quality in many crop species is water availability throughout or at critical times during the
growing season. We investigated the effect of dehydration on expression of DREB2A
transcription factor in pea, as well as on the expression of conserved miRNAs-miR398a/b and
miR408.
Partial cDNA (PsDREB2A), which encodes a DREB2A transcription factor in pea, was
obtained by PCR with primers designed according to DREB2A gene from the model legume
Medicago truncatula. The resulting sequence (495 bp) has been deposited in Gene Bank
(HM229349). Comparison of nucleotide sequences showed that the obtained sequence is most
similar to the sequence of DREB2A from M. truncatula, and with EREBP (ethylene responsive
element binding protein) from the same species. Analysis of deduced amino acid sequence
showed that PsDREB2A has a structure characteristic of the DREB2A protein - presence of AP2
domains (17-55 a.a.), and has the highest homology with DREB2A and ERBP protein from M.
truncatula. Computer prediction of post-translational modification of protein revealed the
presence of a potential site for protein sumoylation, at the position of Lys157 (MKQE), and the
presence of several potential sites for phosphorylation.
To study the expression of PsDREB2A we performed the analysis of mRNA level in pea
root and shoot in a normal physiological state, as well as during dehydration for 7 and 10 days,
and rehydration. Real-time PCR using a probe specific for PsDREB2A has been applied. It has
been shown that the expression profile was different in roots and aerial parts of the plants. In the roots the maximum level of expression PsDREB2A was determined after 10 days of treatment,
while in the above-ground parts of plants the maximum was rached after 7 days of dehydration...
Authors Key words
dehidratacija, grašak, transkripcioni faktor, DREB2A, male RNK, miR398, miR408
Authors Key words
dehydration, pea, transcription factor, DREB2A, small RNA, miR398,miR408
Classification
58
Type
Tekst
Abstract (sr)
Jedan od glavnih faktora abiotičkog stresa kod biljaka je dehidratacija. U ovom radu
ispitivan je uticaj dehidratacije na ekspresiju gena za transkripcioni faktor DREB2A i malih
RNK miR398 i miR408 graška, u cilju sagledavanja značaja ovih molekula u odgovoru graška
na dehidrataciju i rehidrataciju.
Parcijalna cDNK (PsDREB2A) koja kodira za DREB2A transkripcioni faktor graška je
dobijena primenom metode PCR sa prajmerima dizajniranim na osnovu sekvenci DREB2A gena
iz model leguminoze Medicago truncatula. Dobijena sekvenca (495 bp) deponovana je u
GeneBank (HM229349). PoreĎenje nukletidnih sekvenci pokazalo je da je dobijena sekvenca
najsličnija sa sekvencom za DREB2A iz M. truncatula, kao i sa EREBP (ethylene responsive
element binding protein) iz iste vrste. Analiza izvedene aminokiselinske sekvence pokazala je
da PsDREB2A ima strukturu karakterističnu za DREB2A protein - prisustvo konzervisanog
AP2 domena (17-55 ak), kao i da ima najveću homologiju sa DREB2A i sa ERBP proteinom iz
M. truncatula. Na osnovu kompjuterske predikcije posttranslacionih modifikacija proteina
utvrĎeno je prisustvo jednog potencijalnog mesta za sumoilaciju proteina, i to na poziciji
Lys157 (MKQE), kao i prisustvo nekoliko potencijalnih mesta za fosforilaciju, najverovatnije
protein kinazom A.
U cilju ispitivanja ekspresije gena za DREB2A transkripcioni factor graška vršene su
analize iRNK korena i nadzemnog dela graška u normalnom fiziološkom stanju, kao i u
uslovima dehidratacije u trajanju 7 i 10 dana, i rehidratacije. Primenjena je metoda Real-time
PCR uz upotrebu proba specifičnih za PsDREB2A. Pokazano je da se profil ekspresije razlikuje
u korenu i nadzemnom delu biljaka. Kod korena maksimalni nivo ekspresije PsDREB2A utvrĎen je nakon 10 dana tretmana, dok je kod nadzemnog dela biljaka maksimum dostignut
nakon 7 dana dehidratacije...
“Data exchange” service offers individual users metadata transfer in several different formats. Citation formats are offered for transfers in texts as for the transfer into internet pages. Citation formats include permanent links that guarantee access to cited sources. For use are commonly structured metadata schemes : Dublin Core xml and ETUB-MS xml, local adaptation of international ETD-MS scheme intended for use in academic documents.