Title
Биоинформатичка анализа механизама транскрипционе иницијације код бактеријских ECF [sigma] фактора
Creator
Guzina, Jelena, 1990-
Copyright date
2017
Object Links
Select license
Autorstvo-Nekomercijalno-Bez prerade 3.0 Srbija (CC BY-NC-ND 3.0)
License description
Dozvoljavate samo preuzimanje i distribuciju dela, ako/dok se pravilno naznačava ime autora, bez ikakvih promena dela i bez prava komercijalnog korišćenja dela. Ova licenca je najstroža CC licenca. Osnovni opis Licence: http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/rs/deed.sr_LATN. Sadržaj ugovora u celini: http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/rs/legalcode.sr-Latn
Language
Serbian
Cobiss-ID
Theses Type
Doktorska disertacija
description
Datum odbrane: 05.07.2017.
Other responsibilities
mentor
Đorđević, Marko
komentor
Đorđević, Magdalena
član komisije
Živić, Miroslav
član komisije
Pavlović-Lažetić, Gordana, 1955-
član komisije
Spasić, Slađana
University
Univerzitet u Beogradu
Alternative title
Bioinformatics analysis of transcription initiation mechanisms in the group of bacteral ECF [sigma] factors
Publisher
[Ј. Н. Гузина]
Format
112 листова
description
БИОФИЗИКА - БИОИНФОРМАТИКА /
Abstract (sr)
Алтернативни σ фактори су неопходни за преживљавање бактеријске ћелије у стресним
условима, као и за пролазак кроз стадијуме морфолошке диференцијације. Међу њима,
ECF σ фактори представљају најбројнију, најразноврснију, али и најмање изучену групу за
коју се сматра да препознаје ригидне, добро конзервиране промоторе. Насупрот овоме,
механизам ''mix-and-match'' у групи примарних σ фактора (са еквивалентном
промоторском структуром) подразумева флексибилно препознавање промотора, чији се
елементи међусобно надопуњују. Будући да је тренутна парадигма о функционисању ECF
σ фактора резултат малог броја изучених чланова, главни циљ тезе је опсежна
биоинформатичка анализа доступних ECF σ фактора.
Комбиновањем биоинформатичких метода са биофизички-заснованом анализом,
екстензивно су проучавани (квалитативни и квантитативни) аспекти флексибилности у
препознавању ECF промотора. Анализа фагних ECF σ фактора довела је до нове
процедуре за предвиђање фагних промотора, као и до првих (квалитативних) примера
механизма ''mix-and-match'' у групи ECF. Анализа бактеријских ECF представника довела
је до препознавања ''неканонских'' интеракција са промоторским секвенцама, у којима
учествују конзервирани елементи у спејсеру, као и протеински мотиви изван домена за
интеракцију са ДНК (σ2 and σ4). Коначно, установљено је значајно функционално
надопуњавање промоторских елемената у групи ECF (''mix-and-match'') које је, супротно
очекивањима, јаче него у промоторима примарних σ фактора (и упућује на другачији
кинетички профил транскрипционе иницијације). Будући да су ECF најразличитији од
примарних σ фактора у оквиру σ70 групе, добијени резултати указују да је ''mix-and-match''
вероватно заједнички механизам препознавања промотора у целокупној σ70 фамилији.
Abstract (en)
Alternative σ factors are indispensible in bacterial cell for coping with stress or development.
ECFs are the most numerous and diverse, but the least studied group of alternative σ factors,
which are assumed to interact with rigid, well conserved promoters. On the contrary, ''mix-andmatch''
mechanism of housekeeping σ factors (with equivalent promoter organization), implies
flexibility in promoter recognition, where elements complement each other strengths. Since the
current ECF paradigm is supported by limited information on few (canonical) representatives,
our goal was to validate it through a comprehensive computational analysis of all available ECF
σs.
By combining bioinformatics methods with biophysics-based analysis, we extensively studied
(qualitative and quantitative) aspects of flexibility in ECF promoter recognition. Analysis of
phage outliers gave a novel procedure for detecting phage-specific promoters, and also the first
(qualitative) example of mix-and-matching in ECF group. We also found examples of ''noncanonical''
interactions between ECFs and their promoters, exhibited by the conserved promoter
spacer elements and the σ-motifs outside of the main σ2 and σ4 DNA-binding domains. Finally,
we provided quantitative evidence of substantial promoter element complementation (mix-andmatching)
in ECFs, which is unexpectedly much stronger (and points to a different kinetic
profile of the initiation process) than in housekeeping promoters. As ECFs and housekeeping σ
factors are the most divergent σ70 groups, this implies that ''mix-and-match'' may function as a
common promoter recognition mechanism in the entire σ70 family
Authors Key words
ECF σ фактори, бактеријски/бактериофагни промотори, транскрипциона
иницијација, фамилија σ70, механизам ''mix-and-match''
Authors Key words
ECF σ factors, bacterial/bacteriophage promoters, transcription initiation, σ70 family,
''mix-and-match'' mechanism
Classification
577.3:22:51-7(043.3)
Type
Tekst
Abstract (sr)
Алтернативни σ фактори су неопходни за преживљавање бактеријске ћелије у стресним
условима, као и за пролазак кроз стадијуме морфолошке диференцијације. Међу њима,
ECF σ фактори представљају најбројнију, најразноврснију, али и најмање изучену групу за
коју се сматра да препознаје ригидне, добро конзервиране промоторе. Насупрот овоме,
механизам ''mix-and-match'' у групи примарних σ фактора (са еквивалентном
промоторском структуром) подразумева флексибилно препознавање промотора, чији се
елементи међусобно надопуњују. Будући да је тренутна парадигма о функционисању ECF
σ фактора резултат малог броја изучених чланова, главни циљ тезе је опсежна
биоинформатичка анализа доступних ECF σ фактора.
Комбиновањем биоинформатичких метода са биофизички-заснованом анализом,
екстензивно су проучавани (квалитативни и квантитативни) аспекти флексибилности у
препознавању ECF промотора. Анализа фагних ECF σ фактора довела је до нове
процедуре за предвиђање фагних промотора, као и до првих (квалитативних) примера
механизма ''mix-and-match'' у групи ECF. Анализа бактеријских ECF представника довела
је до препознавања ''неканонских'' интеракција са промоторским секвенцама, у којима
учествују конзервирани елементи у спејсеру, као и протеински мотиви изван домена за
интеракцију са ДНК (σ2 and σ4). Коначно, установљено је значајно функционално
надопуњавање промоторских елемената у групи ECF (''mix-and-match'') које је, супротно
очекивањима, јаче него у промоторима примарних σ фактора (и упућује на другачији
кинетички профил транскрипционе иницијације). Будући да су ECF најразличитији од
примарних σ фактора у оквиру σ70 групе, добијени резултати указују да је ''mix-and-match''
вероватно заједнички механизам препознавања промотора у целокупној σ70 фамилији.
“Data exchange” service offers individual users metadata transfer in several different formats. Citation formats are offered for transfers in texts as for the transfer into internet pages. Citation formats include permanent links that guarantee access to cited sources. For use are commonly structured metadata schemes : Dublin Core xml and ETUB-MS xml, local adaptation of international ETD-MS scheme intended for use in academic documents.