Title
Detekcija i identifikacija bakterija parazita biljaka familije Cucurbitaceae klasičnim i molekularnim metodama
Creator
Zlatković, Nevena Z., 1987-
Copyright date
2018
Object Links
Select license
Autorstvo-Nekomercijalno-Bez prerade 3.0 Srbija (CC BY-NC-ND 3.0)
License description
Dozvoljavate samo preuzimanje i distribuciju dela, ako/dok se pravilno naznačava ime autora, bez ikakvih promena dela i bez prava komercijalnog korišćenja dela. Ova licenca je najstroža CC licenca. Osnovni opis Licence: http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/rs/deed.sr_LATN. Sadržaj ugovora u celini: http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/rs/legalcode.sr-Latn
Language
Serbian
Cobiss-ID
Theses Type
Doktorska disertacija
description
Datum odbrane: 21.06.2018.
Other responsibilities
mentor
Obradović, Aleksa, 1965-
član komisije
Ivanović, Milan, 1981-
član komisije
Gašić, Katarina, 1981-
član komisije
Moravčević, Đorđe, 1973-
član komisije
Grahovac, Mila
Academic Expertise
Biotehnološke nauke
University
Univerzitet u Beogradu
Faculty
Poljoprivredni fakultet
Alternative title
Detection and identification of causal agents of cucurbit bacterial diseases by classical and molecular methods
Publisher
[N. Z. Zlatković]
Format
107 listova
description
Biotehničke nauke - Fitopatologija / Biotechnical Science - Phytopathology
Abstract (sr)
Familija Cucurbitaceae broji preko 800 biljnih vrsta, od kojih neke imaju široku
primenu u ishrani ljudi, prerađivačkoj i farmaceutskoj industriji.
S obzirom da su biljke familije Cucurbitaceae posebno osetljive prema nekoliko vrsta
fitopatogenih bakterija, u godinama sa uslovima pogodnim za nastanak infekcije, gubici
mogu dosegnuti velike razmere.
U periodu od 2013-2016. godine, sa različitih lokaliteta širom Srbije, prikupljeni su
simptomatični uzorci biljaka familije Cucurbitaceae. Iz obolelog tkiva, izolovano je ukupno
63 soja fitopatogenih bakterija. Sojevi su proučeni primenom standardnih i savremenih
metoda.
Svi proučavani sojevi bili su Gram-negativni i katalaza pozitivni. Od 63 testirana soja,
61 soj je prouzrokovao pojavu hipersenzitivne reakcije biljaka duvana. Izuzetak su
predstavljala 2 soja izolovana iz ploda lubenice sa simptomima bakteriozne mrljavosti koje
prouzrokuje vrsta Acidovorax citrulli.
Na osnovu patogenih, morfoloških, biohemijsko-fizioloških i molekularnih odlika,
izolovani sojevi svrstani su u 3 roda: Acidovorax, Pseudomonas i Pectobacterium.
Nepektolitički, oksidaza pozitivni sojevi, koji se razvijaju pri 41˚C, pripadaju rodu
Acidovorax. Sojevi na YDC podlozi obrazuju okrugle, ispupčene kolonije, krem boje, sa
tendencijom porasta i promene boje kolonija u tamniju. Primenom prajmera BX-L1/BX-S-R2
specifičnih za vrstu A. citrulli, došlo je do umnožavanja fragmenta veličine 279 bp, čime je
potvrđena pripadnost izolovanih sojeva ovoj vrsti. Proučavanjem sekvenci 16S rRNK gena, i
njihovim poređenjem sa sekvencama iz NCBI baze, takođe je utvrđen visok stepen sličnosti
(100%) sa drugim sojevima A. citrulli. U cilju proučavanja genetičkog diverziteta sojeva,
primenjen je rep-PCR test. Iako je ispoljena potpuna homogenost sojeva, u BOX-PCR profilu
jednog soja, umnožen je fragment koji nije uočen kod ostalih sojeva. Stoga se zaključuje da
izolovani sojevi A. citrulli pripadaju populaciji zajedničkog porekla, koja je kod nas dospela
zaraženim semenom. Sojevi su ispoljili su visok stepen virulentnosti u testovima patogenosti
na različitim domaćinima familije Cucurbitaceae, kao i na različitim sortama lubenice.
Bakteriozna mrljavost plodova lubenice do 2014. godine nije zabeležena u nas...
Abstract (en)
The Cucurbitaceae family consists of over 800 plant species, some of which play an
important role in human nutrition, processing and pharmaceutical industries.
Bearing in mind these plants are especially susceptible to several types of
phytopathogenic bacteria, losses can be substantial in years with favorable conditions for the
emergence of infection.
In the period 2013‒2016, symptomatic cucurbit plant samples were collected from
different locations throughout Serbia. A total of 63 strains of phytopathogenic bacteria were
isolated from diseased tissues. The strains were studied using the standard and modern
methods.
All studied strains were Gram-negative and catalase positive. Out of the 63 strains
tested, 61 strains caused the hypersensitivity reaction of tobacco plants. The exceptions were
two strains isolated from a watermelon fruit showing the symptoms of bacterial fruit blotch,
caused by Acidovorax citrulli.
Based on pathogenic, morphological, biochemical-physiological and molecular
characteristics, isolated strains were classified into 3 genera: Acidovorax, Pseudomonas and
Pectobacterium.
Isolated strains, which did not produce potato soft rot, but were oxidase positive and
grew at 41˚C, were classified into the genus Acidovorax. They produced beige to tancoloured,
round, nonmucoid, convex colonies on yeast extract-dextrose-CaCO3 (YDC) agar.
After three days, spreding of the colony margins was noticed, and the colour of the colony
became darker. The identity of the strains was also confirmed by using the A. citrulli-specific
primer set BX-L1/BX-S-R2. A 279-bp DNA fragment was amplified. The 16S rRNA gene
sequence from two strains showed 100% identity to A. citrulli strains, previously deposited in
the NCBI GenBank database. Genetic relatedness among strains was investigated by the rep-
PCR method. All tested strains, except one, showed the same BOX-PCR profiles. The
obtained results show that A. citrulli strains isolated in Serbia belonged to a relatively
homogeneous population...
Authors Key words
biljke familije Cucurbitaceae, bakterioze, Acidovorax citrulli, Pseudomonas
syringae, Pseudomonas viridiflava, Pectobacterium carotovorum subsp. brasiliense,
identifikacija, bakteriološke odlike, PCR, MLSA
Authors Key words
plant family Cucurbitaceae, bacterial diseases, Acidovorax citrulli, Pseudomonas
syringae sensu stricto, Pseudomonas viridiflava, Pectobacterium carotovorum subsp.
brasiliense, identification, bacteriological characteristics, PCR, MLSA
Classification
632.35:635.61/.63(043.3)
Type
Tekst
Abstract (sr)
Familija Cucurbitaceae broji preko 800 biljnih vrsta, od kojih neke imaju široku
primenu u ishrani ljudi, prerađivačkoj i farmaceutskoj industriji.
S obzirom da su biljke familije Cucurbitaceae posebno osetljive prema nekoliko vrsta
fitopatogenih bakterija, u godinama sa uslovima pogodnim za nastanak infekcije, gubici
mogu dosegnuti velike razmere.
U periodu od 2013-2016. godine, sa različitih lokaliteta širom Srbije, prikupljeni su
simptomatični uzorci biljaka familije Cucurbitaceae. Iz obolelog tkiva, izolovano je ukupno
63 soja fitopatogenih bakterija. Sojevi su proučeni primenom standardnih i savremenih
metoda.
Svi proučavani sojevi bili su Gram-negativni i katalaza pozitivni. Od 63 testirana soja,
61 soj je prouzrokovao pojavu hipersenzitivne reakcije biljaka duvana. Izuzetak su
predstavljala 2 soja izolovana iz ploda lubenice sa simptomima bakteriozne mrljavosti koje
prouzrokuje vrsta Acidovorax citrulli.
Na osnovu patogenih, morfoloških, biohemijsko-fizioloških i molekularnih odlika,
izolovani sojevi svrstani su u 3 roda: Acidovorax, Pseudomonas i Pectobacterium.
Nepektolitički, oksidaza pozitivni sojevi, koji se razvijaju pri 41˚C, pripadaju rodu
Acidovorax. Sojevi na YDC podlozi obrazuju okrugle, ispupčene kolonije, krem boje, sa
tendencijom porasta i promene boje kolonija u tamniju. Primenom prajmera BX-L1/BX-S-R2
specifičnih za vrstu A. citrulli, došlo je do umnožavanja fragmenta veličine 279 bp, čime je
potvrđena pripadnost izolovanih sojeva ovoj vrsti. Proučavanjem sekvenci 16S rRNK gena, i
njihovim poređenjem sa sekvencama iz NCBI baze, takođe je utvrđen visok stepen sličnosti
(100%) sa drugim sojevima A. citrulli. U cilju proučavanja genetičkog diverziteta sojeva,
primenjen je rep-PCR test. Iako je ispoljena potpuna homogenost sojeva, u BOX-PCR profilu
jednog soja, umnožen je fragment koji nije uočen kod ostalih sojeva. Stoga se zaključuje da
izolovani sojevi A. citrulli pripadaju populaciji zajedničkog porekla, koja je kod nas dospela
zaraženim semenom. Sojevi su ispoljili su visok stepen virulentnosti u testovima patogenosti
na različitim domaćinima familije Cucurbitaceae, kao i na različitim sortama lubenice.
Bakteriozna mrljavost plodova lubenice do 2014. godine nije zabeležena u nas...
“Data exchange” service offers individual users metadata transfer in several different formats. Citation formats are offered for transfers in texts as for the transfer into internet pages. Citation formats include permanent links that guarantee access to cited sources. For use are commonly structured metadata schemes : Dublin Core xml and ETUB-MS xml, local adaptation of international ETD-MS scheme intended for use in academic documents.