Title
Mikrobiom šljive (Prunus domestica L.) i potencijal odabranih izolata za biokontrolu patogena šljive
Creator
Janakiev, Tamara, 1989-, 31844199
Copyright date
2019
Object Links
Select license
Autorstvo-Nekomercijalno-Bez prerade 3.0 Srbija (CC BY-NC-ND 3.0)
License description
Dozvoljavate samo preuzimanje i distribuciju dela, ako/dok se pravilno naznačava ime autora, bez ikakvih promena dela i bez prava komercijalnog korišćenja dela. Ova licenca je najstroža CC licenca. Osnovni opis Licence: http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/rs/deed.sr_LATN. Sadržaj ugovora u celini: http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/rs/legalcode.sr-Latn
Language
Serbian
Cobiss-ID
Theses Type
Doktorska disertacija
description
Datum odbrane: 28.12.2019.
Other responsibilities
mentor
Berić, Tanja, 1974-, 12870759
član komisije
Dimkić, Ivica, 1983-, 30506855
član komisije
Stanković, Slaviša, 1965-, 12703335
član komisije
Opsenica, Dejan, 1967-, 30557031
član komisije
Unković, Nikola D., 1988-, 25598567
Academic Expertise
Prirodno-matematičke nauke
Academic Title
-
University
Univerzitet u Beogradu
Faculty
Biološki fakultet
Alternative title
Plum microbiome (Prunus domestica L.) and potential of selected isolated for biocontrol of plum phytopathogens
Publisher
[T. Z. Janakiev]
Format
181 list
description
Biologija - Mikrobiologija / Biology
- Microbiology
Abstract (sr)
Šljiva (Prunus domestica L.) ima izuzetan značaj kao voćarska kultura u Srbiji i
tradicionalno se prerađuje u rakiju šljivovicu. S obzirom da je godišnji prinos šljive
ugrožen različitim bolestima, naročito izazivačima bakterioznog raka i mrke truleži
neophodno je naći efikasne agense za njihovo suzbijanje, a naročito alternativu upotrebi
hemijskih pesticida. U ovom radu je prvi put analiziran mikrobiom filosfere četiri sorte
šljive (Čačanska lepotica, Čačanska rodna, Požegača i Ranka), obuhvatajući ranu (maj) i
kasnu fenološku fazu (juli) razvića ploda. Indeksi alfa i beta diverziteta su pokazali da
su zajednice bile heterogene i da je njihov sastav zavisio od sezone uzorkovanja i sorti
šljive. U ukupnoj bakterijskoj zajednici je metagenomskim pristupom utvrđeno da su
predstavnici razdela Proteobacteria bili najdominantniji, a najzastupljenije vrste su bile
iz rodova: Methylobacterium, Sphingomonas i Hymenobacter. Tradicionalnim
kultivabilnim pristupom i analizom sekvenci gena za 16S rRNK identifikovane su
Pseudomonas syringae i Pseudomonas graminis kao najdominantnije vrste. Analiza
mikobioma je ukazala na dominatnu zastupljenost predstavnika razdela Ascomycota.
Vrste iz rodova Aureobasidium i Cryptococcus su bile najučestalije u maju, dok su u
julu predstavnici različitih rodova dominirali na sortama šljive (Cryptococcus,
Metschnikowia, Fusarium i Hanseniaspora). U okviru kolekcije kultivabilnih gljiva,
identifikovano je 11 izolata Monilinia laxa na osnovu filogenetske analize sekvenci ITS
regiona. Odabrani izolati M. laxa su prouzrokovali tipične simptome na ubranim
plodovima sorti Požegača i Čačanska rodna, a testiranjem potencijalnih bakterijskih
patogena su izdvojeni izolati P. syringae ČL2/2 i P7/16_2, koji su izazivali nekroze na
ubranim listovima šljive svih ispitivanih sorti.
Analizom antagonističkog potencijala kolekcije bakterija i kvasaca poreklom sa
sve četiri sorte je izdvojen izolat Bacillus thuringiensis R3/3 sa snažnom
antibakterijskom aktivnošću protiv autohtonih i referentnih fitopatogena...
Abstract (en)
Plum (Prunus domestica L.) has a great importance as a fruit crop in Serbia and
it is traditionally processed into slivovitz brandy. Considering that the annual plum yield
is significantly affected by various pathogens, especially those causing bacterial canker
and brown rot, it is necessary to find effective agents for their control, and in particular,
an alternative to the chemical pesticides. In this research, microbiome of four plum
cultivars phyllosphere (Čačanska lepotica, Čačanska rodna, Požegača i Ranka) was
analyzed for the first time, including the early (May) and late phenological stages (July)
of fruit development. Alpha and beta diversity indices had shown that the communities
were heterogenous and that their composition depended on sampling season and plum
cultivars. The metagenomic approach revealed that the representatives of the phylum
Proteobacteria were the most dominant in the total bacterial community, and that the
most represented species were from the genera: Methylobacterium, Sphingomonas and
Hymenobacter. Traditional cultivable approach and 16S rRNA sequence analyses
identified Pseudomonas syringae i Pseudomonas graminis as two most dominant
species. Mycobiome analysis revealed the dominance of the phylum Ascomycota
representatives. Aureobasidium and Cryptococcus species were the most abundant in
May, while in July representatives of different genera dominated the plum cultivars
(Cryptococcus, Metschnikowia, Fusarium and Hanseniaspora). From the collection of
cultivable fungi, eleven Monilinia laxa isolates were identified based on phylogenetic
analysis of the ITS region sequences. The selected M. laxa isolates caused typical
symptoms on the harvested fruits of the Požegača and Čačanska rodna cultivars, and the
testing of potential bacterial pathogens revealed P. syringae ČL2/2 and P7/16_2
isolates, which caused necrosis on the harvested plum leaves of all tested cultivars.
Antagonistic potential analysis of bacterial and yeast isolates from all four
cultivars singled out Bacillus thuringiensis R3/3 with strong antibacterial activity
against native and reference phytopathogens...
Authors Key words
diverzitet mikroorganizama, filosfera, šljiva, NGS, Monilinia
laxa, Bacillus thuringiensis, Pseudomonas synxantha, antagonizam, quorum quenching,
fenazini, biološka kontrola
Authors Key words
microbial diversity, phyllosphere, plum, NGS, Monilinia laxa,
Bacillus thuringiensis, Pseudomonas synxantha, antagonism, quorum quenching,
phenazines, biological control
Classification
579.64:634.22(043.3)
Type
Tekst
Abstract (sr)
Šljiva (Prunus domestica L.) ima izuzetan značaj kao voćarska kultura u Srbiji i
tradicionalno se prerađuje u rakiju šljivovicu. S obzirom da je godišnji prinos šljive
ugrožen različitim bolestima, naročito izazivačima bakterioznog raka i mrke truleži
neophodno je naći efikasne agense za njihovo suzbijanje, a naročito alternativu upotrebi
hemijskih pesticida. U ovom radu je prvi put analiziran mikrobiom filosfere četiri sorte
šljive (Čačanska lepotica, Čačanska rodna, Požegača i Ranka), obuhvatajući ranu (maj) i
kasnu fenološku fazu (juli) razvića ploda. Indeksi alfa i beta diverziteta su pokazali da
su zajednice bile heterogene i da je njihov sastav zavisio od sezone uzorkovanja i sorti
šljive. U ukupnoj bakterijskoj zajednici je metagenomskim pristupom utvrđeno da su
predstavnici razdela Proteobacteria bili najdominantniji, a najzastupljenije vrste su bile
iz rodova: Methylobacterium, Sphingomonas i Hymenobacter. Tradicionalnim
kultivabilnim pristupom i analizom sekvenci gena za 16S rRNK identifikovane su
Pseudomonas syringae i Pseudomonas graminis kao najdominantnije vrste. Analiza
mikobioma je ukazala na dominatnu zastupljenost predstavnika razdela Ascomycota.
Vrste iz rodova Aureobasidium i Cryptococcus su bile najučestalije u maju, dok su u
julu predstavnici različitih rodova dominirali na sortama šljive (Cryptococcus,
Metschnikowia, Fusarium i Hanseniaspora). U okviru kolekcije kultivabilnih gljiva,
identifikovano je 11 izolata Monilinia laxa na osnovu filogenetske analize sekvenci ITS
regiona. Odabrani izolati M. laxa su prouzrokovali tipične simptome na ubranim
plodovima sorti Požegača i Čačanska rodna, a testiranjem potencijalnih bakterijskih
patogena su izdvojeni izolati P. syringae ČL2/2 i P7/16_2, koji su izazivali nekroze na
ubranim listovima šljive svih ispitivanih sorti.
Analizom antagonističkog potencijala kolekcije bakterija i kvasaca poreklom sa
sve četiri sorte je izdvojen izolat Bacillus thuringiensis R3/3 sa snažnom
antibakterijskom aktivnošću protiv autohtonih i referentnih fitopatogena...
“Data exchange” service offers individual users metadata transfer in several different formats. Citation formats are offered for transfers in texts as for the transfer into internet pages. Citation formats include permanent links that guarantee access to cited sources. For use are commonly structured metadata schemes : Dublin Core xml and ETUB-MS xml, local adaptation of international ETD-MS scheme intended for use in academic documents.