Title
Fenotipske i genotipske karakteristike sojeva Acinetobacter baumannii izolovanih u bolnicama sekundarnog i tercijarnog nivoa u Republici Srbiji
Creator
Luković, Bojana, 1978-, 53745417
Copyright date
2021
Object Links
Select license
Autorstvo-Nekomercijalno 3.0 Srbija (CC BY-NC 3.0)
License description
Dozvoljavate umnožavanje, distribuciju i javno saopštavanje dela, i prerade, ako se navede ime autora na način odredjen od strane autora ili davaoca licence. Ova licenca ne dozvoljava komercijalnu upotrebu dela. Osnovni opis Licence: http://creativecommons.org/licenses/by-nc/3.0/rs/deed.sr_LATN Sadržaj ugovora u celini: http://creativecommons.org/licenses/by-nc/3.0/rs/legalcode.sr-Latn
Language
Serbian
Cobiss-ID
Theses Type
Doktorska disertacija
description
Datum odbrane: 28.09.2021.
Other responsibilities
mentor
Ranin, Lazar, 1958-, 12512359
član komisije
Vučković Opavski, Nataša, 1963-, 12647527
član komisije
Mijač, Vera, 1972-, 12841063
član komisije
Milenković, Marina, 1963-, 12630631
član komisije
Kocić, Branislava, 1954-, 4547175
član komisije
Šmitran, Aleksandra, 1977-, 61750793
Academic Expertise
Medicinske nauke
University
Univerzitet u Beogradu
Faculty
Medicinski fakultet
Alternative title
Phenotypic and genotypic characteristics of Acinetobacter baumannii strains isolated from secondary and tertiary care hospitals in Serbia
Publisher
[B. Luković]
Format
101 str.
description
Medicina - Molekularna medicina / Medicine
- Molecular medicine
Abstract (sr)
Uvod: Poslednjih godina dolazi do dramatičnog porasta rezistencije Acinetobacter baumannii na karbapeneme i klonskog širenja karbapenem rezistentnih A. baumannii (CRAB) sojeva širom sveta.
Metod: U ovoj studiji analizirani su klinički uzorci pacijenata hospitalizovanih širom Srbije tokom 2018. godine. Kriterijum za uključivanje sojeva u studiju bila je izolacija nerepetitivnih bakterija Acb kompleksa iz kliničkih uzoraka inficiranih pacijenata. A. baumannii je identifikovan detekcijom blaOXA-51 gena. Testiranje osetljivosti na antibiotike izvršeno je disk difuzionom i bujon mikrodilucionom metodom. CRAB izolati su testirani na prisustvo stečenih karbapenemaza (OXA-24, OXA-23, OXA-58, OXA-143, IMP, VIM, GIM, SPM, SIM, NDM, GES i KPC) PCR metodom i Sangerovim sekvenciranjem. Klonska povezanost kliničkih izolata ispitana je PFGE, MLST i WGS metodom.
Rezultati: Od testiranih 280 bakterija Acb kompleksa njih 237 identifikovano je kao A. baumannii. Prevalencija CRAB izolata iznosila je 93,7%. Iako su izolati pokazali visoku osetljivost na kolistin (95,7%) i tigeciklin (75,1%), deset sojeva je bilo panrezistentno. Detektovani su sledeći geni koji kodiraju stečene karbapenemaze: blaOXA-24 (44,2%), blaOXA-23 (34,5%) i blaNDM-1(3,2%). PFGE je definisao šest različitih klastera. MLST analizom CRAB izolatima su dodeljena tri tipa sekvence: ST2, ST492 i ST636. WGS je ukazao na visok stepen genetičke srodnosti testiranih sojeva koji se grupišu u četri glavna klastera.
Zaključak: Ova studija svedoči o visokoj prevalenciji rezistencije A. baumannii na karbapeneme. Ona je rezultat prisustva blaOXA-72, blaOXA-23 i blaNDM-1 gena među CRAB izolatima i njihove klonske propagacije u bolnicama širom Srbije.
Abstract (en)
Background: The worldwide emergence and clonal spread of carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii (CRAB) is of great concern.
Methods: Non-redundant clinical samples obtained from hospitalized patients throughout Serbia were included in the multicenter study conducted in 2018. Acb complexes recovered from clinical samples obtained from inpatients with confirmed bacterial infections were further evaluated for the presence of A. baumannii. Identification to the species level was done by the detection of the blaOXA-51 gene. Susceptibility testing was done by disk diffusion and broth microdilution method. CRAB isolates were tested for the presence of acquired carbapenemases (OXA-24, OXA-23, OXA-58, OXA-143, IMP, VIM, GIM, SPM, SIM, NDM, GES and KPC) by PCR and Sanger sequencing. Clonal relatedness was assessed by PFGE, MLST and WGS.
Results: Overall, A. baumannii was identified in 237 out of 280 Acb complex (84.6%). CRAB prevalence was found to be 93.7%. Although susceptibility was high for colistin (95.7%) and tigecycline (75.1%), ten isolates were classified as pandrug-resistant. The following carbapenemases-encoding genes were found: blaOXA-24 (44.2%), blaOXA-23 (34.5%) and blaNDM-1(3.2%). PFGE analysis revealed six different clusters. MLST analysis identified three STs: ST2, ST492 and ST636. WGS suggested high genetic relatedness among the tested isolates belonging to the four clusters.
Conclusion: This study revealed extremely high proportions of carbapenem resistance among A. baumannii clinical isolates due to the emergence of blaOXA-72, blaOXA-23, and blaNDM-1 genes among CRAB isolates in Serbia and their clonal propagation.
Authors Key words
Acinetobacter baumannii, CRAB, blaOXA-23, blaOXA-72, blaNDM-1, ST492, ST636
Authors Key words
Acinetobacter baumannii, CRAB, blaOXA-23, blaOXA-72, blaNDM-1, ST492, ST636
Classification
616.9:579.61(043.3)
Type
Tekst
Abstract (sr)
Uvod: Poslednjih godina dolazi do dramatičnog porasta rezistencije Acinetobacter baumannii na karbapeneme i klonskog širenja karbapenem rezistentnih A. baumannii (CRAB) sojeva širom sveta.
Metod: U ovoj studiji analizirani su klinički uzorci pacijenata hospitalizovanih širom Srbije tokom 2018. godine. Kriterijum za uključivanje sojeva u studiju bila je izolacija nerepetitivnih bakterija Acb kompleksa iz kliničkih uzoraka inficiranih pacijenata. A. baumannii je identifikovan detekcijom blaOXA-51 gena. Testiranje osetljivosti na antibiotike izvršeno je disk difuzionom i bujon mikrodilucionom metodom. CRAB izolati su testirani na prisustvo stečenih karbapenemaza (OXA-24, OXA-23, OXA-58, OXA-143, IMP, VIM, GIM, SPM, SIM, NDM, GES i KPC) PCR metodom i Sangerovim sekvenciranjem. Klonska povezanost kliničkih izolata ispitana je PFGE, MLST i WGS metodom.
Rezultati: Od testiranih 280 bakterija Acb kompleksa njih 237 identifikovano je kao A. baumannii. Prevalencija CRAB izolata iznosila je 93,7%. Iako su izolati pokazali visoku osetljivost na kolistin (95,7%) i tigeciklin (75,1%), deset sojeva je bilo panrezistentno. Detektovani su sledeći geni koji kodiraju stečene karbapenemaze: blaOXA-24 (44,2%), blaOXA-23 (34,5%) i blaNDM-1(3,2%). PFGE je definisao šest različitih klastera. MLST analizom CRAB izolatima su dodeljena tri tipa sekvence: ST2, ST492 i ST636. WGS je ukazao na visok stepen genetičke srodnosti testiranih sojeva koji se grupišu u četri glavna klastera.
Zaključak: Ova studija svedoči o visokoj prevalenciji rezistencije A. baumannii na karbapeneme. Ona je rezultat prisustva blaOXA-72, blaOXA-23 i blaNDM-1 gena među CRAB izolatima i njihove klonske propagacije u bolnicama širom Srbije.
“Data exchange” service offers individual users metadata transfer in several different formats. Citation formats are offered for transfers in texts as for the transfer into internet pages. Citation formats include permanent links that guarantee access to cited sources. For use are commonly structured metadata schemes : Dublin Core xml and ETUB-MS xml, local adaptation of international ETD-MS scheme intended for use in academic documents.