Title
Grafički prikaz podataka u biomedicinskim istraživanjima: sistematski pregled literature i razvoj interaktivnog softverskog rešenja
Creator
Savić, Marko, 1979-
CONOR:
93812745
Copyright date
2022
Object Links
Select license
Autorstvo-Nekomercijalno-Bez prerade 3.0 Srbija (CC BY-NC-ND 3.0)
License description
Dozvoljavate samo preuzimanje i distribuciju dela, ako/dok se pravilno naznačava ime autora, bez ikakvih promena dela i bez prava komercijalnog korišćenja dela. Ova licenca je najstroža CC licenca. Osnovni opis Licence: http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/rs/deed.sr_LATN. Sadržaj ugovora u celini: http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/rs/legalcode.sr-Latn
Language
Serbian
Cobiss-ID
Theses Type
Doktorska disertacija
description
Datum odbrane: 30.09.2022.
Other responsibilities
Academic Expertise
Medicinske nauke
University
Univerzitet u Beogradu
Faculty
Medicinski fakultet
Alternative title
Data visualization in biomedical research: systematic review and interactive software development
Publisher
[M. Savić]
Format
91 str.
description
Medicina - Biomedicinska informatika / Medicine
- Biomedical informatics
Abstract (sr)
Sažetak: Nedostatak originalnih podataka i neadekvatna vizuelna prezentacija u publikovanim studijama značajno umanjuje transparentnost i ponovljivost rezultata istraživanja u oblasti biomedicinskih nauka. Ciljevi ovog rada su bili procena učestalosti primene neadekvatnih metoda grafičkog prikaza podataka u biomedicinskim istraživanjima, razvoj softverskog rešenja koje omogućava integraciju baze podataka sa interaktivnim načinom vizualizacije i implementacija softverskog rešenja u obliku javno dostupnog veb servisa. Sistematskim pregledom literature koji je obuhvatio originalne naučne radove objavljene u najbolje rangiranim časopisima iz oblasti cirkulatornog sistema utvrđeno je da je među člancima koji su koristili grafički prikaz za kontinuirane numeričke podatke, 66.7% koristilo stubičaste dijagrame koji ne odgovaraju ovom tipu podataka. Obzirom da je vizuelno prikazivanje podataka od izuzetnog značaja za njihovo razumevanje i kritičku evaluaciju, u ovom radu razvijeno je softversko rešenje za interaktivan prikaz podataka, u vidu veb aplikacije, korišćenjem internet tehnologija i programskih jezika HTML, CSS, PHP i javaskript. Aplikacija omogućava autorima bez programerskih veština da kreiraju interaktivne grafikone prilagođene empirijskim podacima, uključujući tačkaste dijagrame, dijagrame kutije i violina dijagrame. Dodatne opcije olakšavaju vizuelizaciju podgrupa ili klastera podataka. Aplikacija je dizajnirana tako da podstiče eksploraciju i kritičku evaluaciju podataka koji stoje iza sumarnih statistika i može biti od koristi za promovisanje transparentnosti, ponovljivosti rezultata i otvorenosti u nauci u biomedicinskim naučnim istraživanjima. Razvoj jednostavnih za korišćenje softverskih alata za kreiranje interaktivnih alternativa statičkim grafikonima može imati potencijal da transformiše naučne publikacije od statičkih izveštaja u interaktivne skupove podataka.
Abstract (en)
Abstract: Missing raw data and suboptimal visual presentation in scientific publications significantly reduces transparency and reproducibility in biomedical research. Aim of this study was to assess the prevalence of inadequate graphical data presentation practices in biomedical research, develop a software that allows the integration of raw data with interactive data visualization, and implement it as a publicly available web application. A systematic review of studies published in top peripheral vascular disease journals showed that among papers that used data figures to present continuous data, 66.7% of papers did it using bar graphs which are not designed for this type of data. Since visual display of data is crucial for its understanding and critical evaluation, interactive software for data visualization was developed as web application using techniques and programming languages HTML, CSS, PHP, and Javascript. The application allows authors with no programming skills to create customized interactive graphics, including dot plots, box plots, and violin plots. Additional features facilitate visualization of subgroups or clusters of non-independent data. Application is designed to encourage exploration and critical evaluation of the data behind the summary statistics and may be valuable for promoting transparency, reproducibility, and open science in basic biomedical research. Developing user-friendly tools that create interactive alternatives to common static figures may have the potential to transform scientific publications from static reports into interactive datasets.
Authors Key words
vizuelizacija podataka, interaktivni grafikoni, transparentnost, stubičasti dijagrami, tačkasti dijagrami, dijagrami kutije, violina dijagrami
Authors Key words
data visualization, interactive graphics, transparency, bar graph, dot plot, box plot, violin plot
Classification
61:004(043.3)
Type
Tekst
Abstract (sr)
Sažetak: Nedostatak originalnih podataka i neadekvatna vizuelna prezentacija u publikovanim studijama značajno umanjuje transparentnost i ponovljivost rezultata istraživanja u oblasti biomedicinskih nauka. Ciljevi ovog rada su bili procena učestalosti primene neadekvatnih metoda grafičkog prikaza podataka u biomedicinskim istraživanjima, razvoj softverskog rešenja koje omogućava integraciju baze podataka sa interaktivnim načinom vizualizacije i implementacija softverskog rešenja u obliku javno dostupnog veb servisa. Sistematskim pregledom literature koji je obuhvatio originalne naučne radove objavljene u najbolje rangiranim časopisima iz oblasti cirkulatornog sistema utvrđeno je da je među člancima koji su koristili grafički prikaz za kontinuirane numeričke podatke, 66.7% koristilo stubičaste dijagrame koji ne odgovaraju ovom tipu podataka. Obzirom da je vizuelno prikazivanje podataka od izuzetnog značaja za njihovo razumevanje i kritičku evaluaciju, u ovom radu razvijeno je softversko rešenje za interaktivan prikaz podataka, u vidu veb aplikacije, korišćenjem internet tehnologija i programskih jezika HTML, CSS, PHP i javaskript. Aplikacija omogućava autorima bez programerskih veština da kreiraju interaktivne grafikone prilagođene empirijskim podacima, uključujući tačkaste dijagrame, dijagrame kutije i violina dijagrame. Dodatne opcije olakšavaju vizuelizaciju podgrupa ili klastera podataka. Aplikacija je dizajnirana tako da podstiče eksploraciju i kritičku evaluaciju podataka koji stoje iza sumarnih statistika i može biti od koristi za promovisanje transparentnosti, ponovljivosti rezultata i otvorenosti u nauci u biomedicinskim naučnim istraživanjima. Razvoj jednostavnih za korišćenje softverskih alata za kreiranje interaktivnih alternativa statičkim grafikonima može imati potencijal da transformiše naučne publikacije od statičkih izveštaja u interaktivne skupove podataka.
“Data exchange” service offers individual users metadata transfer in several different formats. Citation formats are offered for transfers in texts as for the transfer into internet pages. Citation formats include permanent links that guarantee access to cited sources. For use are commonly structured metadata schemes : Dublin Core xml and ETUB-MS xml, local adaptation of international ETD-MS scheme intended for use in academic documents.